La selección de campeones es una aplicación aparte del cliente, a la que de vez en cuando se le hacen cambios. Cuando uno de esos cambios pasa, las "skins predeterminadas", como las llamas, se borran. Pero hey, son como máximo 4 clicks para re seleccionar una skin en selección de campeones, y tienes 30 segundos para hacerlo(?)
Respecto a lo otro, recuerda que puedes respaldar tus conjuntos de objetos desde los archivos del juego y tenerlos en una carpetita o algo, para que no se te pierdan, y siempre puedas ponertelos para verlos en partida, aunque no sé yo si guardarlos por mucho tiempo sea bueno por que suelen cambiar bastante seguido las builds óptimas, ahora que están nerfeando y bufeando tan seguido los objetos.
Recuerda que Riot tiene a mucha gente trabajando, no son 5 personas en un cuarto. Hay un equipo para skins, para campeones, para diseño de jugabilidad, etc, etc... Y luego hay otro equipo para el feature design y el diseño técnico del cliente, que te aseguro que están igual de (bien) pagados que los que hacen los campeones, y están trabajando igual de duro. Lo que sucede es que el cliente de LoL tiene un pésimo diseño a nivel de tecnología, y básicamente es como una torre de jenga, mueves una pieza y todo se te rompe, es un juego de 2009 después de todo. Más aún son unos héroes esos pobres técnicos que tienen que sobrepasar esas dificultades para entregar mejoras y cosas nuevas XD